On ne connaît pas la date exacte de la fondation du monastère, mais on l’estime peut-être même ive siècle. Selon la tradition, il aurait été fondé au temps des premiers chrétiens et était alors dénommé Aïrivank ou « monastère rupestre » avant de recevoir ultérieurement le nom Guéghard ou Guéghardavank, « monastère de la lance », à cause de la Sainte-Lance, dont se servit un soldat roain pour transpercer le Christ crucifié.
Les chroniqueurs siècles mentionnent que l’ancien monastère disposait, outre les habitations des moines ascétiques, de plusieurs églises, des lieux de pèlerinage, des logements résidentiels bien construits et des constructions auxiliaires aux alentours. C’était une école importante de manuscrits, une académie de musique et un site de pèlerinage. Le monastère fut détrui et pillé lors de l’occupation arabe en 920. La plupart des manuscrits fut détruite.
Malgré les inscriptions découvertes à partir des années 1160, l’histoire du monastère Guéghard commence donc au 13ième siècle, lorsque les frères Zakarian secouèrent le joug seldjoukide, en libérant la grande partie de l’Arménie, y compris le monastère Guéghard. Au 13ième siècle Guéghard était à l’apogée de sa gloire.
Katoghiké (1215), la cathédrale principal et son gavit contigu, construits dans la période Zakarian, son adossés aux églises rupestres. Katoghiké a un plan central, en croix à l’intérieur avec des murs rectangulaires à l’extérieur. Le grand gavit, construit entre 1215 et 1225, est adossé à l’ouest à Katoghiké et au nord à une roche rougeâtre au fond de laquelle on voit une source aux vertus peut-être miraculeuses, connue depuis l’âge du bronze.
Les frères Zakarian vendirent le monastère à son tour à un de ses vassaux, le prince Proche Khaghbakian qui prolongea l’œuvre de ses prédécesseurs, non pas en agrandissant le site, mais en creusant dans le rocher des églises, des narthex et un sépulcre familial.
Le monastère Guéghard fut maintes fois endommagé par de tremblements de terre (1127, 1679, 1840) mais toujours reconstruit. Depuis l’an 2000 le monastère est classé au patrimoine mondial de l’UNESCO.
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